Né en 1959 à Louvain en Belgique, Margiela étudie à la Royale Académie d'Anvers et fait partie de la première vague de nouveaux talents de la ville. Entre 1984 et 1987, il est assistant de Jean Paul Gaultier ; en 1998, il fonde la maison Martin Margiela à Paris et présente sa première collection pour femme Printemps-Eté la même année.
Cherchant désespérément à définir la mode de Margiela, avec sa franchise et sa manie du procédé artisanal, la presse baptise ce nouveau style "déconstruction". Évitant le culte de la personnalité qui atteint de nombreux designers, Martin Margiela cherche au contraire à développer un culte de l'impersonnalité en s'affranchissant des conventions de l'industrie de la mode.
Jamais pris en photo, jamais interviewé en personne (il répond aux questions posées par fax), même la griffe de ses vêtements reste vierge, « 6 » pour les basiques féminins et « 10 » pour les hommes. Il est aussi le père du "work in progress", c'est-à-dire le principe où l'on transforme et ne jette pas.
Des chaussettes récupérées dans les stocks de l'armée sont décousues et assemblées en pull-over; le pantalon à pinces masculin devient une jupe; une housse d'emballage en plastique se métamorphose en haut porté sur une robe...
Martin Margiela crée vraiment des vêtements qui parlent d'eux-mêmes et Hermès l'a bien compris : à l'époque où il est de bon ton d'engager des personnalités à la direction de la création, la maison Hermès l'engage en 1997 comme styliste principal de sa ligne Femme, un choix qui s'est avéré depuis très inspiré.
En l'an 2000, la première boutique Martin Margiela ouvre ses portes à Tokyo, suivie en 2002 par Bruxelles et Paris. Chacune d'elles présente la gamme complète des produits Margiela, y compris les chaussures, des livres et des objets.
Juillet 2002 : après le départ de Jenny Meirens, Renzo Rosso, le patron de Diesel, devient actionnaire majoritaire de la Maison Martin Margiela. En 2003, le designer met fin à sa collaboration avec la maison Hermes, et laisse la place à son ancien employeur, JP Gaultier.
Depuis il mène sa barque et ne cesse de créer et d'innover, ses défilés et les collections dites « artisanales » n'ont jamais démenti son talent et son anti-conformisme.